海外からこのような情報が飛び込んできました。
1TB,1.5TB,2TBとHDD容量が劇的に拡大していくのに対応するため、Western Digital(WD)は従来の1セクター512byteから4KBフォーマットに移行しているようです。
（ちなみにこの移行は他のHDDベンダーでも今年から来年にかけて実施される模様です。）
（新フォーマットがどういうものかについては、Advanced Formatも参照ください。）
これによる問題が発生しうるのは、Windows 6.x以前のWindowS OSの場合です。Windows 6.x以降（Windows Vista/Server 2008/Windows 7/Server 2008 R2）ではこの規格をサポートしています。
（Windows Server 2008 R2がベースになると言われている、次期WHSでは当然この問題は発生しません）
6.x以前のWindows ではこの変更が原因によるパフォーマンスの低下が発生しえて、WHSはベースOSがWindows Server 2003 R2ですから、問題が発生する対象となります。
Western DigitalはWindows 6.x以前のOSでこの問題を解決するために、WD Alignと呼ばれるユーティリティをリリースしています。しかし、残念ながらこのユーティリティはWindows Home Server 上で実行することが出来ません。
Windows Home Server 開発チームもこの問題を認識して、WDと協議を始めている模様です。
解決策が公表されるまでの間は、WDの新フォーマット対応HDDをWindows Home Serverで採用するのは避けた方が良いかと思われます。
Acronics WD Align CD ISOで、対策を紹介しています。
WHS v1 で Advanced Format の HDDは推奨されない旨のKB情報が正式に公開されました。