掲題の通りですが、Multipath I/O identifies different disks as the same disk in WindowsというKB情報とHotfixが公開されています。

対象ＯＳにはサーバーＯＳ（2008、2008R2、2012、2012 R2）だけでなくクライアントＯＳ（Vista、7、8、8.1）も含まれていますが、通常はCSVのように、SPOFを無くして高可用性を実現するため、マルチパスI/Oを利用しているような環境はサーバーＯＳに限られるのではないかと思います。

非常に稀とは書かれていますが、場合によってはデータを消失するリスクもありますので、MPIOを利用している環境ではhotfixの適用を検討されることをお勧めします。