ちょっと今更ではありますが、以前取り上げたWestern Digital の新HDDフォーマットについてですが、7-8番ピンをショートさせる方法などが対策として取られてきましたが、CDブートで調節できる、Acronics WD Align CDが公開されています。
WD Support > Downloads > MioNet + Other Products > Advanced Format Software
これを使うと、AcronicsのブートCDから起動して、対象のパーティションを指定して調節が可能なようです。Windows上で動くアプリケーション（Paragon）ではないので、対応OSの問題でWHSでは動かないという心配はこの場合不要です。WDの新フォーマットHDをお使いの方は試してみる価値があるかもしれません。OSをインストールしたり、HDDをサーバーの記憶域に追加した後にはこのツールを実行する必要があります。

（パーティション内のデータに影響がないように調節可能なようですが、途中で中断したりするとデータ消失のリスクがあるようです。ご注意ください）