今日発売の週刊アスキーで、リカバリ時後にパーティションの順番が
変わってしまったため、リカバリ後起動できなかったという記事がありました。

これは仕組上仕方のないこととはいいながらも、自動的にEISA構成などの
パーティションがHDDに確保され、意図せぬまま現在の起動パーティションが
２番目などになっているユーザーは結構いそうに思います。

WindowsのCD-ROMがあれば回復コンソールを使ったり、記事のように
手動でboot.iniを編集したりと、素人さんには到底対処不能な手間が
かかりそうです。ふと思ったのですが、ドライブ全体がEFSで暗号化
されていたら、直接boot.iniってさわれるのかな…。めんどくさそう…。

万が一リストアが必要になった際には相当慌てている状態でしょうから、
このようなケースがあることを念頭に置いておかないといけないでしょうね…。

追記

プライマリＨＤＤが EISA構成+Cドライブ となっていた、我が家の
DELL Dimension 9100 (Vista)ですが、リカバリ後プライマリＨＤＤが
Cドライブだけになって、パーティションの順番が変わっても問題はありません
でした。VistaはＯＫだけど、 XPやそれ以前のBoot.iniは問題なのかな？？

追記２
 　対処方法をこちらに記載しました