Windows Server 2012 R2 Essentialsのクライアントコネクターで問題発生中に記載したKB3172614後に発生していた問題ですが、米国のフォーラムで原因と解決方法が判明しました。
以下のサイトで公開されているバッチファイルを実行することで解決しました。
Reset Notification Area Icons in Windows 10 - Windows 10 Help Forums
How to Reset Notification Area Icons in Windows 10
www.tenforums.com
