データ重複除去（Deduplication）ではボリュームルートフォルダーへのFSRM ハードクォータはサポートされない

Windows Server 2012 から導入されたデータ重複除去では、チャンク単位で重複するデータを既に保存済のチャンクへのリンクに置き換えることで、部門ファイルサーバーやアプリケーション展開用のファイルなどが保存されているサーバーで、ディスクのデータ使用量を劇的に削減できる可能性があります。

サポートされない構成として注意する必要があるのは、ボリュームのルートフォルダーに対してハードクォーターが設定されている場合です。また、Windows Server 2012 ではHyper-Vホスト上の仮想マシンやSQLサーバーのデータベースなど、開きっぱなしあるいは常に更新されている状態にあるファイルのデータ重複除去はサポートされていません。

（Windows Server 2012 R2 では、Hyper-Vホストとは別の、SMB3.0をサポートするサーバー上の共有フォルダーに保存されているVHDXを用いたVDI構成においてのみ、開かれている状態にあるVHDXファイルのデータ重複除去をサポートしています）

その他、データ重複除去の展開にあたっての注意点は、TechNetライブラリのPlan to Deploy Data Deduplicationが参考になります。