Windodws Server 2012 から搭載された記憶域の新機能、データ重複除去は一般のファイルサーバーやVDI用のVHDXを置くサーバー上などで、重複するブロック部分を既に保存してあるブロック（common chunk）にリンク（reparse point）化することで、重複するデータを効率よく統合し、サーバーのデータ使用領域を削減することができます。
このデータ重複除去を利用しているドライブから、Robocopy でファイルをコピーする場合、気を付けなければならないことがあります。それは、common chunk はユーザーのアクセス権がないため、ただ普通にRobocopyを実行するとcommon chunkがコピーされず、reparse pointのリンク情報だけがコピーされてしまう点です。
このため、バックアップモードの/B あるいはアクセス出来ないファイルはバックアップモードに切り替える /ZB オプションを付与した上で、Robocopyを実行する必要があります。また、ジャンクションを対象から除外する /XJD、/XJF オプションは、上記のデータ重複除去の性質上使用しないことをお勧めします。
ドライブ全体をコピーする場合、/XD オプションで System Volume Information フォルダーを除外することも検討してください。
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Use Long Path Tool for such problems.